El tubo digestivo del ser humano se encuentra colonizado por miles de millones de microorganismos y para nadie es un secreto que algunos de estos son responsables de diversas enfermedades gastrointestinales que tienen como síntomas comunes la diarrea y el dolo abdominal. Sin embargo, investigaciones recientes indican, que inclusive pudieran estar relacionados con otra clase de trastornos asociados con la salud metabólica, tales como la obesidad.
La microbiota se define como el conjunto de microorganismos que residen en nuestro cuerpo, que a su vez pueden diferenciarse en comensales, mutualistas y patógenos. Muchas partes de nuestro cuerpo pueden ser colonizadas por estos microorganismos, como la piel, el sistema respiratorio, la vagina y por supuesto el tubo digestivo. De hecho, éste último se caracteriza por presentar el ecosistema más numeroso, diverso y complejo de todos, particularmente en el ciego, donde la densidad microbiana es la más elevada de todo organismo.